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Gene set: NFKB_UP_HINATA (C2:PERT:0005) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Standard name | NFKB_UP_HINATA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Systematic name | C2:PERT:0005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Brief description | Genes upregulated by NF-kappa B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Category | C2: Curated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sub-category | PERT: Experimental pertuberation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Full description or Abstract | NF-kappa B regulates normal and pathological processes, including neoplasia, in a tissue-context-dependent manner. In skin, NF-kappa B is implicated in epidermal homeostasis as well as in the pathogenesis of squamous cell carcinoma; however, its function in the underlying mesenchymal dermis has been unclear. To gain insight into NF-kappa B roles in these two adjacent cutaneous tissue compartments, NF-kappa B effects on expression of 12 435 genes were determined in epidermal keratinocytes and dermal fibroblasts. Although NF-kappa B induced proinflammatory and antiapoptotic genes in both settings, it exhibited divergent effects on growth regulatory genes. In keratinocytes, but not in fibroblasts, NF-kappa B induced p21(CIP1), which was sufficient to inhibit growth of both cell types. Levels of growth inhibitory factor (GIF), in contrast, were increased by NF-kappa B in both settings but inhibited growth only in keratinocytes. These findings indicate that transcription factors such as NF-kappa B can program tissue-selective effects via both differential target gene induction as well as by inducing common targets that exert differing effects depending on cellular lineage. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publication URL | 12673201 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External links | na | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Keywords & MeSH headings | Epithelial Cells/metabolism,Organ Specificity,Inflammation/genetics,Keratinocytes,Gene Expression Profiling,Comparative Study,I-kappa B/genetics/physiology,Transcription,Cyclins/biosynthesis/genetics,Cell Lineage,Human,Skin,Recombinant Fusion Proteins/physiology,Fibroblasts,genetics,Gene Expression Regulation,Mesoderm/cytology/metabolism,Genetic,cytology,physiology,Cell Division/drug effects,NF-kappa B,Nerve Tissue Proteins/biosynthesis/genetics,metabolism | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Organism | Human | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Contributed by | Broad Institute | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Source platform | HG_U95Av2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Download | grp|xml|map | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genes | 111 genes, 111 accessions (Toggle view)
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